La petite Lain mène une vie morte au milieu d'une famille qui ne se parle pas. Un jour elle reçoit un mail d'une camarade d'école qui s'est suicidée. Elle apprend à Lain qu'elle s'est fondue dans le réseau de communication appelé Wired et qu'elle y a rencontré Dieu. Lain, intriguée par ces messages demande à son pere de lui acheter un navi, un ordinateur de la dernière génération.
Commence pour elle un voyage dans le monde des hackers et du réseau, à la recherche de l'existence de Dieu et d'elle-même.