Lors du Japon féodal, l’ère Edo apporta une paix précaire régit par le sang. Ninja Scroll TV relate les aventure de Kibagami Jubei voyageant dans la campagne japonaise en tant que mercenaire. Jubei, bien malgré lui, se voit confier un mystérieux Joyau…
La série prend place quelques temps après le film et certains personnages y demeurent présent.