L'action se déroule au Japon, en 1969. Le pays connaît une croissance économique incroyable mais parallèlement à l'évolution positive du niveau de vie, les habitants sont menacés par de mystérieux Envahisseurs: êtres d'origine inconnue qui se cachent dans des corps d'humains et peuvent se combiner en multiples formes destructrices. Ces derniers cherchent à prendre le contrôle du pays, heureusement existe une organisation secrète chargée de les combattre à travers le monde: AEGIS.
L'AEGIS lutte à l'aide d'individus dotés d'un pouvoir particulier: celui d'ouvrir une porte, - une Gate, vers une dimension parallèle afin d'y puiser une énorme masse d'énergie. Ces individus sont appelés "Gate Keepers" et parmi eux se trouve une jeune fille du nom de Ruriko Ikusawa. L'AEGIS cherche à recruter le plus de Gate Keepers possible: c'est ainsi que Ruriko va rapidement se faire rejoindre par d'autres jeunes filles et garçons dont le personnage principal, Ukiya Shun, qui n'est autre que celui dont elle était amoureuse dans son enfance...