L'histoire nous amène juste après la fin de la série quand Edward, âgé de 18 ans, est toujours bloqué dans l'autre monde derrière la porte, ce qui le replonge dans l'Allemagne de l'entre-deux-guerres. Notre jeune alchimiste national fait des recherches en fuséologie avec son nouveau partenaire Haidelihi pour réaliser son rêve : revenir un jour dans son monde et retrouver son frère!
Malheureusement, tous ses efforts tombent à l'eau.
Ed sera-t-il bloqué à jamais dans ce monde ou trouvera-t-il un moyen de concrétiser son rêve? C'est là toute l'histoire du film.